Naja, vermutlich hat Dein System einen Auslagerungsspeicher angelegt, die pagefile.sys und da werden Daten abgelegt, die nicht permanent gebraucht werden.
Wenn ich mich recht entsinne, liegt die im Wurzelverzeichnis.
Ich hatte zwar noch nie solch volle HDDs, aber könnte mir durchaus vorstellen, das ein Defragmentieren irgendwann sehr lange dauert, bzw. nicht mehr möglich ist.
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