Mit etwas Glueck macht die exe nichts besonderes und ist nur ein Wrapper fuer eine jar-Datei die Du selbst mit der javaw.exe starten kannst (mgl. Parameter suchen/ausprobieren)
Ansonsten hab ich mal das Programm TopWinPrio gefunden mit dem man die Prioritaet fuer Prozesse dauerhaft speichern kann - habs aber noch nicht ausprobiert; und es wuerde wohl fuer (fast) alle Java-Anwendungen gelten