[swtcw12]

Wenn ich das richtig versteh geht das im IE auch nur mit document.selection.createRange().text.

Ansonsten würde ich das so probieren:
1. selektierten Text bzw. die eine Zeile auslesen (scheint ja zu funktionieren)
2. mit

var pres = document.getElementsByTagName('pre');
for(var i = 0; i < pres.length; i++) {

}

3. in der Schleife mit Regulären Ausdrücken prüfen ob der Text gefunden wurde

var pre_inhalt = pres[i].innerText;
var suche = '/' + dermarkierteText + '/';
if(suche.test(pre_inhalt) == true) {
var der_pre_inhalt_mit_allen_links = pre;
}
else{
alert('Wohl doch das falsche pre!');
}