TrueCrypt kannst du z.B. dazu benutzen.
Zum möglichen Bundestrojaner gibt es übrigens auch hier Infos, wie er Verschlüsselungen aushebeln kann:
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Die Daten kannst du dann z.B. auf einer Plattform ohne Internetanschluss verschlüsseln/entschlüsseln. Am besten natürlich nimmst du eine bootbare DVD, z.B. Knoppix, damit sich der Trojaner nicht erst installieren kann. So minderst du das Risiko. Aber denoch Virenscan nicht vergessen.