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Also einfach mit deinem erstellten Programm Setup.exe und danach Patch.exe ausführen. Danach kannst ja auch noch mit Lese- und Schreiboperationen, Daten hin und her kopieren.
Noch simpler wäre ein Skript (zb. BATCH) wo du ja auch solche Aktionen schritt für schritt ausführen kannst.
Sind jetzt zwar nicht die schönsten Lösungen, aber ich denke es ist eher leicht und schnell umzusetzen.