Dies liegt wohl eher am unterschiedlichen Dateisystem, der Betriebssysteme (Ext3, Reiserfs, Btrfs, DOS, FAT16, FAT32, NTFS, etc.), und deren Abarbeitung, (schreiben, lesen, mounten, erzeugen, extrahieren, löschen, etc.) sowie an den genutzten Dateiengrößen.
Je nach Zugrifflänge, leuchtet dann die LED der Festplatte, unterschiedlich lang, und intensiv.
Auch die Art, der verwendeten Hardware, spielt eine Rolle, da dies Auswirkung auf die Dauer des Zugriffs hat, (HDD, SSD).
Hier ein Beispiel anhand von unterschiedlichen Dateisystemen, bei Linux:
(Bild anklicken, um zu vergrößern)
Genauso, verhält es sich bei den Windows-Dateisystemen, oder in deinem Fall, zwischen Ubuntu und Windows.
Siehe auch:
http://www.pro-linux.de/artikel/2/16...vergleich.html
http://de.wikipedia.org/wiki/NTFS
http://de.wikipedia.org/wiki/File_Allocation_Table