http://lmgtfy.com/?q=ubuntu+ati+ruckelt
Wenn dir das alles nicht weiter hilft kommst du nochmal und sagst uns was du schon alles probiert hast und was jeweils das Ergebins/die Folge war. Das Problem mit Wine würde ich erstmal nicht beachten, da es sich hier evtl auch um ein wine spezifisches Problem handeln kann. Da du schreibst, dass das Problem auch bei Videos auftritt würde ich auch nochmal nach dem Flashplayer schauen.