Einen 100% Schutz gibt es nicht, um einen großen DDoS angriff zu überstehen müssen deine Server Kapazitäten extrem groß sein. Ansonsten helfen nur Firewalls und Filter, die bei zu vielen anfragen die IP sperren, ist aber auch nicht wirklich das richtige. Du kannst traffic auf andere Server umleiten, könnte aber sein das dan beide Server unter DDoS stehen werden, wenn der angreiffer das merkt.
Um große angriffe zu verkraften müsste man schon die Server von Amazone oder vergleichbare haben.