öhh ich glaub nicht, dass es der windwos bootloader ist, der dich fragt ob du kubuntu starten willst. microsoft produkte sind sehr faschistisch was das betriebssystem angeht
starten denn beide betriebssysteme, wenn du sie zum zweiten mal auswählst? eventuel ist in der menu.lst oder grub.cfg, jenachdem welche grubversion du benutzt, irgendwas falsch, dann kann es sein, dass der bootloader kommentarlos auf den anfangsbildschirm zurückspringt. das hatte ich auch schonmal. ich hab aber noch nie davon gehört, dass 2 unterschiedliche bootloader im mbr stehen können
poste doch mal den inhalt deiner grub konfigurationsdatei hier, und sag uns auf welcher partition du welches system liegen hast.