[smdata2]

Dafür würde ich folgendes machen:

1:
Die Spalten einer Zeile werden nur durchlaufen wenn mindestens der erste Wert ungleich 0 ist:

PHP-Code:

/*
 * 2-Dimensionales Array ablaufen und Zeiten aufsummieren
 * ACHTUNG: i-Schleife beginnt mit 1 um die Kopfzeile der CSV-Datei zu überspringen
 */
$sums = array();
$count = 0;
for($i=1; $i<count($lines); $i++) {
  if(!empty($lines[$i][0])) {
    $count++;
    for($j=0; $j<count($lines[$i]); $j++) {
      // Falls es der erste Durchlauf ist, wird die Summe mit 0 vorbelegt
      if(!isset($sums[$j]))
        $sums[$j] = 0;
      
      // Wert nach Minuten und Sekunden auftrennen und als Sekundenwert ablegen
      $time = preg_split('/:/', $lines[$i][$j]);
      $seconds = $time[0] * 60 + $time[1];
      $sums[$j] += $seconds;
    }
  }
} 


2:
Bei der Bildung des Durchschnitts kann jetzt nicht mehr einfach $lines - 1 als Anzahl genommen werden, stattdessen wird nun der vorher ermittelte Wert $count genommen:

PHP-Code:

/*
 * Durchschnitt der einzelnen Spalten bilden
 */
$averages = array();
for($i=0; $i<count($sums); $i++) {
  // Summe aus dem Array holen und durch Anzahl der Zeilen (in $count ermittelt) teilen
  // --> ergibt den Durchschnittswert in Sekunden
  $seconds = $sums[$i] / $count;
  // Volle Minuten bestimmen, eventuell mit führender 0
  $avg_minutes = str_pad(floor($seconds / 60), 2, '0', STR_PAD_LEFT);
  $avg_seconds = str_pad(($seconds % 60), 2, '0', STR_PAD_LEFT);
  $averages[] = $avg_minutes . ':' . $avg_seconds; 
} 


Hoffe, dass es dich weiterbringt!