Wenn der Installationspfad im Setup verfügbar ist dann kannst du das mit batch lösen.
(befehl: "reg add")
Also du erstellst eine batch datei die vom Setup gestartet wird und als Parameter den Pfad mitbekommt.
Diese Batch Datei erstellt dann den Schlüssel.
Ansonsten sag mal was für Möglichkeiten dir in dem Setup offen stehen?
Baum-Darstellung