Falls du bis zum heutigen Tag hierfür noch keine Lösung gefunden hast... hier auf die Schnelle (ungtestet).
PHP-Code:
// Dein File
$file = "daten.dat";
// Zeilen rausholen
$rows = file( $file );
// Handle setzen (erst hier! - da mit 'w' das File auf 0 Byte gesetzt wird)
$handle = fopen( $file, 'w' );
// Erste Zeile löschen .....
unset( $rows[0] );
// Und die Daten wieder zurück ins File schreiben (Zeile für Zeile)
// Alternativ kann man sicher auch den ganzen Inhalt direkt reinpacken
// ohne die Schleife...
foreach( $rows as $row )
fwrite( $handle, $row );
// Und Handle wieder schließen
fclose( $handle );