[Your_Conscience]

ArrayIndexOutOfBoundsException
Das bedeutet, dass du auf eine Feldposition schreiben willst, die nichtmehr existiert.

Edit:
Du erstellst die Zahlen zufällig, da ist es nur natürlich, dass sie doppelt vorkommen.
Oder was genau meinst du?

Edit2:
Ich glaube, ich habe jetzt kapiert was du meinst.
Hier die Klasse:

public class code {
	public void Bubblesort() {
		//Zahlenfeld und Zahlen erstellen
		int[] Array = new int[5];
		for (int i = 0; i < Array.length; i++) {
			Array[i] = (int) (Math.random()*100); 
			System.out.print("ungeordnet " +Array[i] + "\n");
		}
		
		//Sortieren	
		for (int j = Array.length - 1; j > 0; j--) {
			for (int i = 0; i < j; i++){
				if (Array[i] > Array[i+1]) {
					int temp = Array[i];
					Array[i]=Array[i+1];
					Array[i+1] = temp;			
				}
			}
		}
		
		System.out.print("---------------------\n");
		
		for (int i = 0; i < Array.length; i++) {
			System.out.print("geordnet " +Array[i] + "\n");
		}
		
	}

}

Dein Sortieralgorythmus stimmt allerdings noch nicht.

Edit3:
Doch er stimmt.