Ich weiß nicht genau wie deine frage zu verstehen ist, des weiteren bin ich kein "Voll Profi" in Sachen Programmiersprachen, aber dennoch, meine ich mit vb.net ist es recht einfach zu bewerkstelligen, interessantes Forum für dein anliegen ->
www.vb-paradise.de
Du kannst Dateien als zweierlei (Wohl möglich mehr) einlesen.
Methode a.) Als String einlesen (Dauert länger)
Methode b.) Ganz simple als Byte einlesen, verschlüsseln neu speichern, wie auch immer du es haben möchtest.
MFG
3D Freak