1. Benutz einen Debugger!
Der sagt Dir was falsch gelaufen ist. Du wirst noch auf 1000 weitere Fehler treffen und willst bestimmt nicht für jeden einzelnen einen Thread hier aufmachen.
2. Deine Schleifen sind nicht eingegrenzt, d.h. irgendwann wird nach dem 1001ten Element gefragt, welches eben aus dem "Rahmen" des Arrays springt.
3. Es gibt auch Arrays mit dynamischer Größe.
Es ist einfach inneffizient Speicher für 2x1000 Zellen bereit zu stellen, wenn Du nur 10 Zahlen sortieren willst.
4. Refactoring!
Jeder Codeabschnitt hat einen Sinn bzw. eine Funktion (Initialisieren,Einlesen, Sortieren, Ausgeben usw.). Entsprechend sollte diese Abschnitte auch Methoden ausgegliedert werden.
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