Es könnt an der TXT datei liegen. Das Steuerzeichen für Zeilenumbruch ist in Windows und UNIX Systemen verschieden. Es wird zwischen Zeilenvorschub und Wagenrücklauf unterschieden: ASCII Zeichen 10 bzw. 13
Mehr siehe
Wikipedia (Zeilenumbruch)
Je nach dem was du zum bearbeiten der TXT Dateien nimmst kann du dir diese Zeichen Anzeigen lassen und einstellen wie die Textdatei abgespeichert werden soll.
Sollte es daran liegen, müsstest du einmal entsprechende Zeichen ersetzen lassen.