Ubuntu und eigentlich jede gängige Linux-Distri nutzt ext3 als Filesystem. Gibt noch ext2, xfs, reisefs usw., aber die sind nur in Ausnahmefällen zu empfehlen.
Die OS' kannste per Bootloader switchen, der installiert und konfiguriert sich aber sowieso automatisch bei der Ubuntu-Installation. Siehe
GRUB
Btw erst Win installen und dann Linux! Sonst gibt (lösbare) Probleme.
/edit
Zum "hantieren" solltest du vllt erstmal Linux per
VM laufen lassen, dann machste auch nix kaputt. ^^