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Entweder mit AVIMux_GUI zur avi hinzufügen oder Du fügst die avi und die ac3 in einen Ordner gibst beide Dateien den selben Namen und wenn der VLC gestartet ist unter Audio die andere Tonspur auswählen. Ich würde das erste machen.

EDIT: AVIMux_GUI

Starten Sie AVIMux_GUI und ziehen das AVI Video und die vorher angelegte AC3 Tonspur in den oberen Bereich des Fensters. Wählen Sie anschließend das Video (AVI) aus und klicken auf den Knopf "generate data source from files". Danach sollte alles wie auf dem Bild abgebildet aussehen. Sie können hier auch erkennen, daß AVIMux den Delay-Wert der AC3-Datei übernommen hat. Dies ist wichtig, damit im fertigen Video Ton und Bild synchron sind.]