Ich schätze dein Windows versucht von der externen Festplatte aus zu booten.
Schau mal ins Bios und überprüf doch mal die Bootreihenfolge
Evtl. mal nen anderen USB-Port benutzt?
Kann auch sein, dass die die Externe + dem USB-Hub "zuviel" Leistung zieht o.ä. und alles hängen bleibt?
Hab schon so einiges gesehen.
Oder die Festplatte vor dem Windowsstart abklemmen ^^