bin mir nicht ganz sicher aber eventuell gibt es da unterschiedliche daten kompressionsraten. vielleicht kommt dein player deshalb mit manchen nicht zurecht. kannst ja mal mit einem konverter versuchen mkv files vergrößern und verkleinern. vielleicht kriegst du so raus warum manche gehen und manche nicht. einfach mal ein wenig hiermit rumspielen.
http://www.xmedia-recode.de/download.html
benutze den selber. ist freeware und ich bin recht zufrieden damit.