Wenn die Grafikkarte so heiß wird überwach doch mal die Temperatur(z.B. mit HWMonitor), dass man zumindest mal Werte hat an den man sich orientieren kann.
Edit: Und was den Gehäuselüfter angeht, dass er angeschlossen ist heißt noch nicht das er auch läuft
Vielleicht das nächst mal wenn die Warnung kommt schauen ob sich das Teil zumindest mal überhaupt dreht.