Also bei meinem Board ist das so (Gigabyte P55A UD3) Das ich denn Ahci Mode aktivieren musste und dann habe ich das eSATA an die Raidanschlüsse angeschlossen. 
Wenn ich jetzt meine externe anschliesse und anmache dann startet er die automatisch.
Wichtig ist nur das die Raidtreiber installiert sind 

 Befinden sich auf der TreiberCD vom Mainboard 
Aber so wie PrincePorn es schon geschrieben hat kann es sein das du dein System neu auflegen musst durch die Biosumstellen von IDE/Raid auf AHCI.