Bleibende schäden kannst du damit nicht verursachen, allerdings denke ich gibt es an einigen Stellen ein paar Unterschiede, da die Befehle ja auch nicht immer 1:1 übernommen und neue hinzugefügt werden.
Kopiere einfach mal den Inhalt deiner config_default.cfg in deine erstellte config.cfg.
Dann hast du die "normalen" Settings als Ausgangspunkt und kannst testen, ob sich was tut.
Normalerweise schreibt auch jedes Source-Game in die config.cfg. Ich kann mir nicht vorstellen warum deine nicht erstellt werden will. Die Erklärung dafür, dass du bei jedem Neustarten des Spiels wieder die normalen Settings hast ist, dass er dann die config_default liest, da bei dir ja irgendwas mit der normalen config fehlerhaft ist.
Ich frage jetzt einfach nochmal aus Prinzip:
Hast du zuerst den Hauptteil entpackt, dann die "Installation" ausgeführt und dann das Update drüberkopiert?
Wenn du's anders gemacht hast könnte dabei auch ein Fehler aufgetreten sein.
Nutzt du Mods, bzw. Addons?
Wenn wir hier trotzdem zu keinem Ergebnis kommen sollten kann ich bei dir ja mal mit
Teamviewer über dein Spiel drübergucken und schauen ob ich was finde...
Gruß,
sfaaa