Ich tippe mal auf die
Volumen Schattenkopien bzw. den Dienst
Volume
Shadow Copy
Service!
Ist dieser Dienst aktiviert, werden vollautomatisch, im Hintergrund, Kopien Deiner Dateien angelegt!
Löschen kannst Du die Kopien so:
Die Systemwiederherstellung und Schattenkopien löschen, bzw. bereinigen!
Deaktivieren kannst Du den Dienst so:
Windows Schattenkopien deaktivieren
PS: Dein Problem hat aber nichts mit einer Festplattenfragmentierung zu tun!
Fragmentierung (Dateisystem)