So soll es ja auch sein. Was einem wichtig ist kann man ja vorher sichern.
Dann könntest du dir überlegen ob du deine HDD mit einer GParted Live CD gleich partitionierst, um dann auf der 1. Partition nur Windows und Programme zu installieren. Die 2. Partition nimmt man dann als reine Datenpartition.
Das hätte den Vorteil, dass du die 1. Partition formartieren kannst, ohne die Daten auf der 2. Partition zu verlieren.
Und um Windows zu installieren, reicht es die Windows DVD ins Lauf zu legen und anschliessend von DVD/CD-Rom zu booten.