KDE:
http://wiki.ubuntuusers.de/KDE
Gnome:
http://wiki.ubuntuusers.de/GNOME
Ist "nur" die Grafische Benutzeroberfläche, also prinzipiell gehts nur ums Aussehen.
Allerdings sind einige Linux Programme speziell auf eine der Oberflächen abgestimmt, das wirkt sich vor allem insofern aus als das die Vorinstallierten Programme unterschiedlich sind.
Ist aber nur Geschmackssache welches man verwendet. Am besten beide mal anschauen mit der LiveCD (also vor dem installieren) und das nehmen das einem besser liegt.
JDownloader ist Java und läuft auf jedem Betriebssystem. Allerdings gibt es für Linux auch etwas angenehmere Download Programme, wie zb pyLoad (
http://pyload.org/)