JEDER Bootloader liegt im MBR (zumindest der Startcode) der "größere) Rest liegt auf einer Partition. Man kann aber hergehen und eben für diesen Rest vom Bootloader eine eigene Partition zu machen. Somit erspart man sich die Neukonfiguration (so lange man die OSs wieder auf die korrekte Partition installiert). Bei Linux habe ich eigentlich immer /boot auf einer eigenen Partition liegen, denn so brauch ich für X Linuxinstalationen, nur 1 mal Grub/LiLo.
Ubuntu macht deswegen eine Logische Partition, da es eigentlich "besser" ist ... Das Problem ist, dass MBR-Platten, eben nur 4 Primäre Partitionen zu lassen. Auch eine Erweiterte Partition, zählt als Primäre (jedoch ist immer nur EINE Erweiterte Partition möglich). Jedoch kann man in einer Erweiterten Partition, X Logische Partitionen rein machen ... Da Linux Systeme meist nicht nur eine Partition haben (teilweise aus Sicherheitsgründen, teilweise zur Erleichterung der Administration ...) wäre es dort meist nicht möglich mit nur mit Primären Partitionen zu arbeiten (besonders wenn man dann auch noch ein oder mehrere andere OS drauf hat).
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