Mechanisch passen die Grafikkarten mit PCIe 3.0 auf einen PCIe 2.0 Steckplatz und umgekehrt würde eine 2.0 Graka auch auf einen 3.0 Steckplatz passen. Das ist kein Problem. Der Unterschied ist nur die Übertragungsrate, 3.0 ist etwas schneller.
Es muss auch immer alles abwärts kompatibel sein, deshalb mache dir darum mal keinen Kopp.
Schau dir mal AMD Boards mit AM 3+ Sockel an. Du wirst keins mit PCIe 3.0 finden.
An deiner Stelle würde ich noch ein bißchen sparen.
Davon abgesehen, wenn du dir zutraust ein Netzteil zu ersetzen, solltest du auch einen kompletten PC zusammen bauen können.
Denn m. E. ist die Verkabelung des NT das schwierigste daran.
Edit:
Z.B., Graka fehlt:
http://geizhals.de/?cat=WL-700455
So hättest du wenigstens was vernünftiges!