Dafür ist doch der "GoodReader" da - das ist der derzeit beste eBook-Reader und kann so ziemlich alles! Wenn Du kein JB hast, kaufst Du ihn halt, er ist sein Geld wert!!!
Ich habe es gerade mal über die WiFi-Verbindung aus dem App heraus getestet - das Kopieren von HTML-Dokumenten klappt genauso, wie alle anderen Formate auch...
Mit iTunes geht es demzufolge über USB auch oder Du nimmst komfortablere Programme wie z.B. "DiskAid", mit dem Du auch Ordner erstellen und alles andere ganz bequem erledigen kannst.
Cheers.