Probier doch mal folgendes:
1. Baue die 2. HDD aus und lass nur die Platte drin wo Windows rauf soll
2. Setze das Bios mal zurück (Load Optimal Defaults)
3. Installiere Windows mit einem USB-Stick: [
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Ansonsten weiß ich auch nicht weiter!
Frage: Hast Du den Laufwerksbuchstaben der Windows-Partition geändert?