[marcxxx]

Hey :-)
Danke für deine Idee. Leider tut das von dir genannte Programm nicht genau was ich suche ;-)
Ich habe mir jetzt einen Container mit TrueCrypt angelegt und mein aktives FF-Profil darin verlagert.
Dies schafft zumindest beim Firefox abhilfe ;-)
Jedoch besteht das Problem weiterhin bei einigen anderen Programmen, wie beispiel dem "Remote Desktop Manager". Dieser speichert seine Konfiguration (alle RDP-Zugänge, etc.) unter AppData und man kann bei ihm leider nicht einstellen, wo diese Daten gesichert werden sollen.
Für den Zweck habe ich mir ein Batch-Skript angelegt um die Konfiguration in den Container zu verschieben (beim Herunterfahren) und natürlich die Daten aus dem Container zu holen (bei Systemstart)

-> Im Großen und Ganzen:
Der Container von TrueCryüt stellt eine Alternative dar, ist jedoch nicht genau das was ich suche :-/