Bei der angesprochenen Dateianzahl liegt der Engpass wohl bei dem verwendeten Datenträger. Wie du bereits selbst feststellen konntest, ist der Prozess mit nur 2000 Dateien deutlich schneller abgeschlossen. Auch der Einsatz einer SSD weist eine Beschleunigung auf. Um es noch weiter abzusichern kannst du mit Hilfe des Windows Ressourcenmonitor prüfen was deinen Rechner beim lesen des Ordners auslastet.
Du wirst vermutlich feststellen, dass deine CPU etwas beschäftigt ist, während deine Festplatte nahezu permanent ausgelastet ist.
In solch einem Fall hilft ein RAID-Verbund aus mehreren Festplatten mit entsprechendem Controller.
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