Ich glaube, ich verstehe Dich gerade nicht...
Das selbe PDF, in zwei oder mehreren Apps öffnen, geht so:
...wobei Du sinnvollerweise sowieso ALLES mittels DiskAid in den GoodReader packen solltest und von da bequem überall dorthin die PDFs verteilst, wo Du sie haben möchtest. Das ist praktisch, wenn man unterwegs ist...löschen kann man ja aus jedem App heraus sowieso wieder..., so dass GoodReader die "Zentrale" und das "Arbeitstier" bleibt!
Falls Du meinst, innerhalb eines PDFs, was Du liest, immer zu zwei bestimmten Stellen zu springen, musst Du Dir "Bookmarks" setzen.
Ein anderer Weg wäre, wenn Du Dir in GoodReader Anmerkungen ("Side menü for annotations" muss aktiviert sein) setzt und das Buch sozusagen "bearbeitest"; dabei kannst Du Dir ein Duplikat erstellen: "Create an annotated copy" heißt das; ich gehe nicht auf "Save to this file", weil man so das Original mehrfach aufrufen und immer wieder neu bearbeiten kann, ohne den PC wieder anstöpseln zu müssen.
In dem Fall hast Du das "selbe Buch" zwei mal oben in Deiner Leiste sichtbar und kannst ganz bequem zwichen den Tabs hin- und herspringen!
Das ganze ist natürlich nur sichtbar, wenn Du unter "Settings" - "General" auch bei "File Tabs" den Punkt aktiviert hast!
Das App ist echt so geil!!! ...was man damit alles machen kann...
PS: Rechts neben "Manage Files" ist ja auch der Button "Back to reading", den man häufiger übersieht - so kann man in seiner Sammlung mal etwas herumstöbern, gelangt aber trotzdem sofort wieder zurück...